В 5й версии ispmanager хранит все данные в mysql и можем сам пересоздать конфиги.

Были случае когда они обнулялись, штука восстановления конечно полезная.

/usr/local/mgr5/sbin/mgrctl -m ispmgr webreconfigure.initialize shutdown=on
/usr/local/mgr5/sbin/mgrctl -m ispmgr webreconfigure.restore