Для отключения двухфакторную авторизацию необходимо зайти на сервер через ssh с root правами

sqlite3 /usr/local/mgr5/etc/ispmgr.db #открываем базу данных
sqlite> select * from totp; #проверяем таблицу totp. Будет список всех пользователей с двухфакторной авторизацией
sqlite> delete from totp where user='root'; #удаляем для пользователя root
sqlite> .q #выходим